옥탑방람보

<서버>

1. /etc/exports 파일내 설정

   /usr/local/apache/logs 182.192.71.20(rw,async)

   /etc/init.d/nfs restart

2. /etc/hosts.allow 파일내 클라이언트 아이피 허용

3. rpcinfo -p 명령어로 필요한 데몬 떠있는지 확인

<클라이언트>

1. rpcinfo -p 명령어로 필요한 데몬 떠있는지 확인

2. /etc/init.d/nfs restart

<열려야하는 포트>

TCP 111, 2049

UDP 111, 2049, 32789

<아래는 참고 자료>

 http://how-to.linuxcareer.com/how-to-configure-nfs-on-linux

1 서버 구성 요소NFS는 서버와 클라이언트 간의 구별을 명확히 해야 한다. 서버와 클라이언트 간의 요구 사항이 전혀 다르기 때문이다. 서버는 rpc.mounted, rpc.nfsd 라는 두 가지 서버로 구성되어 있다. 설정 파일은 /etc/exports 이다. 클라이언트들이 mount하여 사용할 수 있도록 몇몇 디렉토리 이하를 허용하는 작업을 export한다고 표현한다. 현재 NFS 설정의 유일한 파일이다.


2 확인 사항NFS는 RPC(Remote Procedure Call)라는 것을 사용하기 때문에 port mapper라는 특별한 서버가 먼저 떠 있는 상태여야 한다.

#rpcinfo -P
프로그램 버전 원형 포트
100000 2 tcp 111 rpcbind
...........

rpcinfo 명령을 사용하여 rpcbind가 등록되어 있는지, 그리고 mountd와 nfs가 등록되어 있는지 확인한다.
레드햇 계열에서 port mapper를 실행하고 중지하는 스크립트는 /etc/rc.d/init.d/portmap이며 NFS 스크립트는 같은 디렉토리의 nfs이다.
특정 호스트의 포트 맵핑 상황을 알고 싶을 때는 rpcinfo -p 다음에 host name 또는 IP 주소를 적어 주면 된다.


3 설정설정 파일은 전술한 바와 같이 /etc/exports 이다. exports 파일의 형식은 오리지널 SunOS의 형식과 비슷하지만, 몇 가지 옵션에서 차이가 난다.

<export할 디렉토리> <허가할 클라이언트>(옵션...)

기본 형식은 우선 가장 좌측에 허용할 디렉토리 이름이 오고, 그 다음 마운트할 수 있는 권한을 갖는 클라이언트 이름이 따른다.
괄호 안에는 몇 가지 옵션을 적는다.
# 문자로 시작하는 것은 주석이며 설정행이 여러 줄일 때는 중간행의 끝에 역슬래쉬 무자를 적는데 이는 매우 일반적인 유닉스 설정 파일의 통례이므로 그리 어렵진 않다.
클라이언트 이름은 하나의 호스트 IP 주소 또는 도메인 이름 형식으로 적을 수 있다. 또는 *.cs.foo.edu 와 같은 와일드 카드 문자인 *, ?등을 사용할 수 있다. 이렇게 적어주면 cs.foo.edu 도메인의 모든 호스트를 가리키게 되므로 a.cs.foo.edu, b.cs.foo.edu 등의 도메인 이름을 가진 호스트들은 앞에 주어진 디렉토리를 마운트하여 사용할 수 있다. 그러나 a.b.cs.foo.edu 와 같은 이름의 호스트는 해당되지 않는다. 즉, 와일드 카드 문자는 도트(.)를 포함하지 않는다.
'address/netmask' 표기법을 사용할 수도 있다. 192.168.1.0/24 는 192.168.1이라는 C클래스에 해당하는 모든 호스트를 나타낸다.

ro : 읽기 전용으로만 마운트하도록 강제한다. 기본적으로 읽기/쓰기를 허용하며 rw를 명시적으로 적어주어도 된다.
noaccess : NFS 마운트를 허용하지 않을 때 적는다. 보통 디렉토리 이하의 마운트를 허용하면서도 특정 디렉토리 이하는 제외시키고자 할 때 사용된다.
root_squash, no_root_squash : NFS 서버에도 root 사용자가 있을 것이고, NFS 클라이언트에도 root가 있을 것이다. 그러나 두 root가 같은 root가 될 순 없다. NFS 클라이언트의 root가 NFS 서버의 root 권한을 가질 수 없다. 따라서 기본값은 root_squash로 클라이언트 root는 nobody와 같은 사용자로 맵핑되어 버린다. 서버와 클라언트의 root 사용자를 일치하도록 하려면 no_root_squash라고 적으면 된다.
all_squash, no_all_squash : 기본값은 no_all_squash로서 root를 제외한 일반 사용자 ID에 대해서는 서버와 클라이언트 UID가 동일한 사용자이며 동일한 권한을 갖는다고 생각한다. 이는 root에 대한 기본 처리값과 반대이다. 그러나 all_squash를 해버리면 모든 UID, GID를 무조건 익명 사용자 ID로 매핑해 버린다.


설정 예


/ mater(rw) trusty(rw,no_root_squash)
/projects proj*.local.domain(rw)
/usr *.local.domain(ro) @trusted(rw)
/home/joe pc001(rw,all_squash,anonuid=150,anongid=100)
/pub (ro,insecure,all_squash)
/pub/private (noaccess)

변경된 설정 내용을 반영시키려면 NFS 데몬들을 다시 띄워야 한다. 또는 HUP 시그널을 보내면 된다.


#/etc/rc.d/init.d/nfs stop
#/etc/rc.d/init.d/nfs start

perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
        LANGUAGE = "ko_KR.eucKR",
        LC_ALL = "ko_KR.eurKR",
        LC_MESSAGES = "ko_KR.eucKR",
        LANG = "ko_KR.eucKR"
    are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C").

$> locale-gen kr_KR kr_KR.UTF-8

$> dpkg-reconfigure locales

java.io.IOException: no locks available

마운트시 -o nolock 옵션 적용

$> mount -t nfs -o nolock

fstab에 적용

$> vi /etc/fstab

XXX:/storageDir /local nfs nolock 0 0

---------------------------------------------------------

<rocks clusters>

nfs 파일 시스템에서 파일 lock 이 되지 않을 때
아래와 같이 수정하고 nfs 데몬 재시작, nfslock 데몬 재시작
(예상 관련 데몬: portmap, autofs)

[system]$ cat /etc/auto.home
user01  -fstype=nfs,nolock 111.111.111.111:/data/home/user01

$root> rpm -i rpmrebuild-2.4.1.noarch.rpm

$root> rpm -qa | grep module

$root> rpmrebuild module-1.1.1

$root> cp /usr/src/redhat/RPMS/x86_64/module-1.1.1 ~/

$root> chown user.user ~/module-1.1.1

$> convert image.pdf image.png

위 명령어는 ImageMagick 모듈 설치로 사용가능

$> yum search ImageMagick

이미지 종류별 포맷 변환, 사이즈, 해상도등 다양한 기능 가지고 있음

http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/

1. 방화벽 오픈 - 873번

2. 데이터 다운로드

$> rsync -zrtlv --delete bioconductor.org::2.11 /local/bioc/packages/2.11

3. 아파치에 연결

$> ln -s /local/bioc /var/www/html/bioconductor

4. 연결 정보 변경

$bioconductor 미러서버> vi /local/bioc_2.11/biocLite.R

options("repos" = "http://XXX/cran")

options("BioC_mirror" = "http://XXX/bioconductor")

5. bioconductor 설치

$설치할 서버> R

R> source("http://XXX/bioconductor/packages/2.11/biocLite.R")

R> install.packages("DBI")

R> install.packages("RSQLite")

R> biocLite()

6. bioconductor 내 cran 사이트 설정부분 변경 및 brainarray 데이터 주소 삭제

* biocLite() 시 시간이 오래 소요되는 원인을 찾는 중 확인된 사항임

$bioconductor 미러서버> cd /local/bioc/packages/2.11/bioc/src/contrib/

$bioconductor 미러서버> cp BiocInstaller_1.8.3.tar.gz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz.ori

$bioconductor 미러서버> tar xvfz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz

$bioconductor 미러서버> vim BiocInstaller/R/biocLite.R

repos["CRAN"] <- "http://XXX/cran"  #86번째줄의 정보를 구축된 미러사이트 주소로 변경

#repos[["MBNI"]] <- mbniUrl #89번째줄의 내용을 주석처리함 (http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc 데이터 받고 나면 mbniUrl 부분을 데이터 받은 서버 주소로 변경해서 반영할 필요 있음)

$bioconductor 미러서버> tar cvfz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz BiocInstaller

 

$설치할 서버> cd /home/bio/install/R/library/BiocInstaller

$설치할 서버> R

$R> source("http://XX/bioconductor/packages/2.11/biocLite.R")

$R> biocLite()

 

$> nmap -sU -p 1-65535 -T4 -A -v 182.192.71.12

윈도우에서는 Zenmap 설치 (nmap.org)

리눅스에서는 nmap 설치 (yum search nmap 또는 nmap.org)

방화벽 오픈 여부 확인

TCP경우 $> nmap -sT -p 1-65535 -T4 -A -v 182.192.71.12

UDP경우 $> nmap -sU -p 1-65535 -T4 -A -v 182.192.71.12

ping은 먼저 보내는 호스트, S, 에서 자신의 시간(time-stamp)을 ICMP 메세지에 포함시켜 보다는 호스트, R, 에게 보내게 된다.

받는 쪽, R은 이 메세지를 받자마자 그대로 받는 주소와 보내는 주소를 바꾸어 다시 보내는 쪽에 보내게 된다.

원래 ping 메세지를 보냈던 S는 R이 보낸 메세지를 받는 시간을 기록하여 원래 S 자신이 보냈던 시간과의 차이를 계산해 냄으로써, RTT(round trip time)를 계산하게 된다.

보통 ping의 출력 결과는 bytes, time, TTL 값이 나오게 되는데,

bytes 에서는 S에서 보낼 때, 거의 무의미하게 포함되는 데이터 크기를 말한다.

time은 위에서 말한데로 계산한 RTT 값,

TTL은 time-to-live 값을 말한다. TTL은 크게 영향을 미치지 않지만, bytes의 값은 보낸 데이터의 크기이기 때문에 ,RTT계산시 오차가 생기게 될 수 있다.

tracert 는 윈도우상 명령어이다.

tranceroute는 TTL 값을 하나씩 줄여서 R에 메세지를 보내는 것이다.

TCP/IP는 connection-less service이기 때문에 잘못된 IP 주소를 넣어서 데이터를 전송하게 될 경우 IP packet은 네트워크 상에서 loop를 돌게 되는 수가 있다.

이 때문에, TTL 값이 필요하게 되는데, TTL은 라우터 하나를 지날 때마다 값이 하나씩 줄어들게 된다.

만약, 어떤 라우터에서 TTL 값이 0이 된 메시지를 받게 된다면, 에러 메세지를 원래 보낸 호스트에 보내주게 된다.

traceroute는 이런 TCP/IP 의 성질을 이용하여, TTL 값을 1에서 부터 하나씩 늘려면서 R에게 ping을 보내는 것이라 생각하면 된다.

이렇게 되면 S와 R사이에있는 라우터에서 에러 메시지를 보내주는 것을 보고, S와 R 사이의 bottelneck이 무엇이 되는지를 알 수가 있다.

예를 들어, S--(1)--(2)--(3)--R 순으로 네트워크가 연결되어 있다면, 맨처음 S는 TTL값을 1로하여 보내주면, (1)에서는 S에게 보낸 메시지가 잘못되었다고 판단하고, 에러 메시지를 S에게 보내게 된다. 이렇게 되면, S는 본래 처음 자신이 보냈던 시간값과 받은 시간을 가지고 S와 (1)사이의 RTT를 구하게 된다. 이런 식으로 TTL값을 하나씩 늘려가다가 맨 마지막에는 R까지 도달하게 되면, S와 R사이의 라우터 혹은 노드 간의 링크에서 걸리는 시간들을 모드 측정할 수 있다.

출처: 네이버지식인

Rocks Clusters 6 (CentOS 6) 에서 R 설치

* 소스로 설치하는 방법 (현재 CentOS 6를 위한 rpm을 제공하지 않고 있어서 소스로 설치함)

1. 다운로드

http://cran.nexr.com/src/base/R-2/R-2.15.2.tar.gz

2. 관련 모듈 설치

http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-7.noarch.rpm

다운로드 받아서 설치 (이모듈을 설치하지 않으면 make 시 attach라는 function이 없다고 나옴)

Error: could not find function "attach"

$> rpm -i epel-release-6-7.noarch.rpm

* 기타 모듈 gcc, libgcc, cpp, libgfortran 등등 모듈 설치 확인

3. 설치

$> tar xvfz R-2.15.2.tar.gz

$> cd R-2.15.2

$> mkdir makeout

$> ./configure --prefix=/path/makeout --with-readline=no

$> make

$> make install

실행파일 /path/R-2.12.1/bin/R

<Rocks Clusters 5에서 R 2.15.2설치>

$> tar xvfz R-2.15.2.tar.gz

$> cd R-2.15.2

$> ./configure --prefix=/path/makeout --with-readline=no

$> make

$> make install

$> touch R_HOME/etc/Rprofile.site  # touch /usr/lib64/R/etc/Rprofile.site

$> cd R_HOME/etc/

$> vi Rprofile.site

options(repos=c(CRAN="http://미러서버아이피/cran"))

$> R

R> install.packages("ENmisc")

Name 이라는 단어와 Date 라는 단어 둘 중 하나 포함하는 라인 출력

$> grep -E 'Name|Date' input.txt