[General]
description = XXX Browser
Data Source에 표시되는 이름. Header에 정의가 없으면 이 이름이 헤더에 반영된다.
db_adaptor = Bio::DB::GFF
db_args = -adaptor memory -gff '/var/www/html/gbrowse/databases/XXX/'
파일기반으로 돌릴 때
db_args = -dsn dbi:mysql:database=DB_NAME;host=varigine.kobic.re.kr;user=root;passwd=XXX
디비기반으로 돌릴 때 (파일기반이나 디비기반이나 둘 중 하나만 기입)
plugins = FastaDumper GFFDumper RestrictionAnnotator
플러그인들 리스트 (데이터를 다운로드 등의 기능을 만들 수 있다.)
aggregators = transcript processed_transcript coding chromosome{centromere,cytoband} match recomb_rate{recombrate:ox_recombrate}
하나의 셋으로 지정하는 것들. 예를 들어 Match의 경우 같은 이름을 가진 셋들을 하나의 라인에 표시. 유전자의 각 부위를 하나의 라인에 표시하는데 사용
initial landmark = NM_015658
브라우저 실행시 default 값의 검색어로 지정되어진다.
# Web site configuration info
stylesheet = /gbrowse/gbrowse_wykim.css
css 파일이 위치하는 경로 - /var/www/html/gbrowse/gbrowse_wykim.css
buttons = /gbrowse/images/buttons tmp
images = /gbrowse/tmp
# Default glyph settings
glyph = generic
generic은 막대바로 표시
height = 8
bgcolor = black
fgcolor = black
label density = 50
label density는 이미지 상에 나타나는 요소의 ID들이 표시될 때의 촘촘함 정도를 어디까지 허용할 것인가
grid = 1
gridcolor = darkgray
bump density = 100
low res = 200000
keystyle = between
empty_tracks = suppress
link = AUTO
링크를 auto로 해두면 브라우져에서 클릭시 세부적은 영역정보를 보여준다.
# what image widths to offer
image widths = 450 640 800 1024 1152 1280
default width = 1024 low res = 200000
default features = CYT:overview CT:overview Lgene:region gtsh mRNA KSJgt JWgt YHgt CVgt
default로 나타나는 트랙들. 뒤에서 나열하는 각 트랙의 feature 이름을 넣으면 된다.
# max and default segment sizes for detailed view
max segment = 5000000
default segment = 250000
region segment = 2000000
# eight numbers for the zoom levels - should be more flexible, sorry
zoom levels = 100 500 1000 2000 5000 10000 20000 40000 100000 200000 500000 750000 1000000 2000000 5000000
# canonical features to show in overview
overview units = M
overview bgcolor = lightgrey
detailed bgcolor = blue
key bgcolor = beige
# examples to show in the introduction
examples = chr1:10247291..10267291 PLCH2 NM_015658 rs7542793 chrX ENST00000370434
예제 키워드. 브라우저상의 Examples에 나타난다.
# "automatic" classes to try when an unqualified identifier is given
automatic classes = overview Genes Contig
cache_overview = 0
header = <div id=topImage><img src='/gbrowse/images/topimage.jpg'/></div>
헤더에 나타날 부분이다. 위의 이미지는 /var/www/html/gbrowse/images/topimage.jpg 위치
footer = <BR><BR><BR>Copyright 2008 <br><a href="http://www.gachon.ac.kr">Gachun University of Medicine and Science</a>, Korea <br><a href="http://www.kobic.re.kr">Korean Bioinfomation Center (KOBIC)</a>, <a href="http://www.kribb.re.kr">KRIBB</a>, Korea
[CYT:overview]
feature = chromosome
glyph = ideogram
브라우저에 나타내는 모양지정
fgcolor = black
bgcolor = gneg:white gpos25:silver gpos50:gray gpos:gray gpos75:darkgray gpos100:black acen:cen gvar:var arcradius = 6
height = 25
bump = 0
label = 0
key = Ideogram
citation = Cytogenetic chromosome bands. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (cytoBand.txt.gz).
브라우저의 Tracks 안에 각 트랙이름을 클릭할 때의 설명이 이 citation 에 들어간 내용이 나타난다.
[CT:overview]
feature = contig
glyph = generic
fgcolor = black
bgcolor = blue
fillcolor = blue
bump = 1
label density = 10
height = 4
key = NT contigs
label = 0
citation = NT contigs created during the construction of the genome assembly. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (ctgPos.txt.gz).
[NT]
feature = contig
key = Contigs
background = black
link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name
citation = NT contigs created during the construction of the genome assembly. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (ctgPos.txt.gz). category = DNA
이 category는 Tracks 안에서 내용들을 그룹화시키는데 사용한다. 화면상에 그룹화 되어 나옴.
[RefGene]
feature = processed_transcript:UCSC_1
GFF파일의 칼럼에서 세번째 위치하는 이름이 이곳에 들어가면 된다. 기본적으로 세번째 이름만 위치하면 인식하게 되는데, 세번째 위치가 같지만 두번째 칼럼 이름이 다른 데이터들이 있다면 이를 위와 같이 세번째:두번째 이렇게 넣어주면 구분한다. 또한 이와 같이 processed_transcript 를 사용하여 유전자를 표시할 경우에는 뒤에 나오는 ensemble 의 경우와 겹치게 되므로 이를 구분하기 위해 여기에서는 processed_transcript:UCSC_1, 앙상블에서는 processed_transcript:Ensembl 이렇게 표시하면 된다.
glyph = processed_transcript
processed_transcript 라고 지정하면 그림이 유전자 스플라이싱 모양으로 나타난다.
stranded = 0
방향성 표시 여부
bgcolor = yellow
fgcolor = black
font2color = red
height = 8
description = sub {
my $f = shift;
return $f->attributes('Alias').': '.$f->attributes('Note');
}
label density = 15
link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name
link_target = _blank
key = Entrez genes
decorated_introns= 1
citation = mRNA sequences from NCBI's <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/">RefSeq resource</a>. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (refGene.txt.gz, refLink.txt.gz, refSeqSummary.txt.gz). Both RefSeq short descriptions and longer summaries (for annotated genes) are searchable, but only short descriptions are displayed alongside features.
category = Genes
[RefGene:300000]
300000 보다 넓 경우에는 RefGene 의 모양을 바꾼다는 말이다. 실제로 여기서는 같이 두었다. 원래는 glyph를 generic 으로 지정하여 넓게 보는 경우에 세세한 모양을 표시하지 않도록 지정하기 위해 넣은 부분이다.
feature = processed_transcript:UCSC_1
glyph = processed_transcript stranded = 1
bgcolor = yellow
fgcolor = black
height = 8
label density = 15
link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name key = Entrez genes decorated_introns= 1 citation = <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/">RefSeq</a> mRNAs mapped to the genome assembly
category = Genes
[dbS]
feature = snp129:UCSC
glyph = triangle
point = 1
orient = N
height = 5
label = 1
label density = 150
bump density = 250
bgcolor = blue
fgcolor = black
font2color = gray
link = http://www.ncbi.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=$name
link_target = _blank
key = dbSNP SNPs (ver. 129)
citation = Reference SNP clusters (rs#'s) available in NCBI's <a href="http://www.ncbi.nih.gov/SNP/">dbSNP database</a>.
category = Variation
[gtsh]
feature = snp:HapMap_gt
glyph = allele_pie_multi
이 allele_pie_multi는 /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/Bio/Graphics/Glyph/ 에 위치
ref_allele = sub {
my $f = shift;
my $refallele = uc($f->dna);
$f->strand == -1 and $refallele =~ tr/ACTG/TGAC/;
return $refallele;
}
freq = sub { my $snp = shift;
my @pops = qw/CEU CHB JPT YRI/;
my @freqs = sort $snp->attributes('acounts');
#my $allele = $snp->attributes('Refallele');
my $allele = uc($snp->dna);
$snp->strand == -1 and $allele =~ tr/ACTG/TGAC/;
my %freqs;
foreach(@freqs){
my @items = split /:/;
if ($items[1] =~ /$allele\s([0-9.]+)/i){
$freqs{$items[0]} = $1;
}elsif($items[2] =~ /$allele\s([0-9.]+)/i){
$freqs{$items[0]} = $1;
}
}
return join ';', map { exists $freqs{$_} ? "$_:$freqs{$_}" : "$_:NO" } @pops;
}
alleles = sub {return shift->attributes('alleles')}
ref_strand = sub {shift->strand}
font2color = #0000FF
bgcolor = red
#stacked = 1
label density = 50
bump density = 250
key = HapMap genotyped SNPs
link = http://www.hapmap.org/cgi-perl/snp_details?name=$name&source=hapmap_B36
link_target = _blank
label = sub{ my $self = shift;
my $s = $self->strand;
my $n = $self->name;
return $n if $s == 0;
my $m = "+" if $s > 0;
$m = "-" if $s < 0;
return $n . "(" . $m . ")";
}
description = 1
height = 21
citation = SNPs in dbSNP genotyped by the <a href="http://www.hapmap.org">HapMap Project</a> (Phase 2, B36).
category = Variation
[KSJgt]
feature = KSJgt:KSJ
glyph = allele_tower
alleles =sub{ my $f= shift; return $f->attributes('allele');}
ref_strand = sub{shift->strand}
minor_allele = sub {
my $f = shift;
my @alleles = split /\//,$f->attributes('allele');
my ($ref_allele) = $f->attributes('ref');
return $alleles[0] eq $ref_allele ? $alleles[1] : $alleles[0];
}
maf = sub{my $f = shift;
my ($ref_cnt) = $f->attributes('sup1');
my ($oth_cnt) = $f->attributes('sup2');
if( $oth_cnt eq "" ){
$oth_cnt = $ref_cnt;
$ref_cnt = "0";
}
return 1- $ref_cnt/($ref_cnt+$oth_cnt);
}
label = 1
label density = 100
bump density = 225
fgcolor = black
bgcolor = blue
bump = 1
font2color = blue
key = KSJ genotypes
category = Variation
citation = Genotypes of KSJ.
link = http://www.koreagenome.org/pgp/?chr=$ref&f=$start&$w=120
$ref는 템플릿 이름, $start는 시작 포지션, $end는 끝 포지션
[KSJgt:100000]
feature = KSJgt:KSJ
glyph = triangle
point = 1
orient = N
bump density = 500
height = 5
label = 1
key = KSJ genotypes
category = Variation
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