Generic Genome Browser - 예제

[General]

description = XXX Browser

Data Source에 표시되는 이름. Header에 정의가 없으면 이 이름이 헤더에 반영된다.

db_adaptor = Bio::DB::GFF

db_args = -adaptor memory -gff '/var/www/html/gbrowse/databases/XXX/'

파일기반으로 돌릴 때

db_args = -dsn dbi:mysql:database=DB_NAME;host=varigine.kobic.re.kr;user=root;passwd=XXX

디비기반으로 돌릴 때 (파일기반이나 디비기반이나 둘 중 하나만 기입)

plugins = FastaDumper GFFDumper RestrictionAnnotator

플러그인들 리스트 (데이터를 다운로드 등의 기능을 만들 수 있다.)

aggregators = transcript processed_transcript coding chromosome{centromere,cytoband} match recomb_rate{recombrate:ox_recombrate}

하나의 셋으로 지정하는 것들. 예를 들어 Match의 경우 같은 이름을 가진 셋들을 하나의 라인에 표시. 유전자의 각 부위를 하나의 라인에 표시하는데 사용

initial landmark = NM_015658

브라우저 실행시 default 값의 검색어로 지정되어진다.

 

# Web site configuration info

stylesheet = /gbrowse/gbrowse_wykim.css

css 파일이 위치하는 경로 - /var/www/html/gbrowse/gbrowse_wykim.css

buttons = /gbrowse/images/buttons tmp

images = /gbrowse/tmp

 

# Default glyph settings

glyph = generic

generic은 막대바로 표시

height = 8

bgcolor = black

fgcolor = black

label density = 50

label density는 이미지 상에 나타나는 요소의 ID들이 표시될 때의 촘촘함 정도를 어디까지 허용할 것인가

grid = 1

gridcolor = darkgray

bump density = 100

low res = 200000

keystyle = between

empty_tracks = suppress

link = AUTO

링크를 auto로 해두면 브라우져에서 클릭시 세부적은 영역정보를 보여준다.

 

# what image widths to offer

image widths = 450 640 800 1024 1152 1280

default width = 1024 low res = 200000

default features = CYT:overview CT:overview Lgene:region gtsh mRNA KSJgt JWgt YHgt CVgt

default로 나타나는 트랙들. 뒤에서 나열하는 각 트랙의 feature 이름을 넣으면 된다.

 

# max and default segment sizes for detailed view

max segment = 5000000

default segment = 250000

region segment = 2000000

 

# eight numbers for the zoom levels - should be more flexible, sorry

zoom levels = 100 500 1000 2000 5000 10000 20000 40000 100000 200000 500000 750000 1000000 2000000 5000000

 

# canonical features to show in overview

overview units = M

overview bgcolor = lightgrey

detailed bgcolor = blue

key bgcolor = beige

 

# examples to show in the introduction

examples = chr1:10247291..10267291 PLCH2 NM_015658 rs7542793 chrX ENST00000370434

예제 키워드. 브라우저상의 Examples에 나타난다.

 

# "automatic" classes to try when an unqualified identifier is given

automatic classes = overview Genes Contig

cache_overview = 0

 

header = <div id=topImage><img src='/gbrowse/images/topimage.jpg'/></div>

헤더에 나타날 부분이다. 위의 이미지는 /var/www/html/gbrowse/images/topimage.jpg 위치

footer = <BR><BR><BR>Copyright 2008 <br><a href="http://www.gachon.ac.kr">Gachun University of Medicine and Science</a>, Korea <br><a href="http://www.kobic.re.kr">Korean Bioinfomation Center (KOBIC)</a>, <a href="http://www.kribb.re.kr">KRIBB</a>, Korea

 

[CYT:overview]

feature = chromosome

glyph = ideogram

브라우저에 나타내는 모양지정

fgcolor = black

bgcolor = gneg:white gpos25:silver gpos50:gray gpos:gray gpos75:darkgray gpos100:black acen:cen gvar:var arcradius = 6

height = 25

bump = 0

label = 0

key = Ideogram

citation = Cytogenetic chromosome bands. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (cytoBand.txt.gz).

브라우저의 Tracks 안에 각 트랙이름을 클릭할 때의 설명이 이 citation 에 들어간 내용이 나타난다.

 

[CT:overview]

feature = contig

glyph = generic

fgcolor = black

bgcolor = blue

fillcolor = blue

bump = 1

label density = 10

height = 4

key = NT contigs

label = 0

citation = NT contigs created during the construction of the genome assembly. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (ctgPos.txt.gz).

[NT]

feature = contig

key = Contigs

background = black

link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name

citation = NT contigs created during the construction of the genome assembly. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (ctgPos.txt.gz). category = DNA

이 category는 Tracks 안에서 내용들을 그룹화시키는데 사용한다. 화면상에 그룹화 되어 나옴.

 

[RefGene]

feature = processed_transcript:UCSC_1

GFF파일의 칼럼에서 세번째 위치하는 이름이 이곳에 들어가면 된다. 기본적으로 세번째 이름만 위치하면 인식하게 되는데, 세번째 위치가 같지만 두번째 칼럼 이름이 다른 데이터들이 있다면 이를 위와 같이 세번째:두번째 이렇게 넣어주면 구분한다. 또한 이와 같이 processed_transcript 를 사용하여 유전자를 표시할 경우에는 뒤에 나오는 ensemble 의 경우와 겹치게 되므로 이를 구분하기 위해 여기에서는 processed_transcript:UCSC_1, 앙상블에서는 processed_transcript:Ensembl 이렇게 표시하면 된다.

glyph = processed_transcript

processed_transcript 라고 지정하면 그림이 유전자 스플라이싱 모양으로 나타난다.

stranded = 0

방향성 표시 여부

bgcolor = yellow

fgcolor = black

font2color = red

height = 8

description = sub {

my $f = shift;

return $f->attributes('Alias').': '.$f->attributes('Note');

}

label density = 15

link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name

link_target = _blank

key = Entrez genes

decorated_introns= 1

citation = mRNA sequences from NCBI's <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/">RefSeq resource</a>. Annotations from the <a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptions.html">UCSC Genome Browser Database</a> (refGene.txt.gz, refLink.txt.gz, refSeqSummary.txt.gz). Both RefSeq short descriptions and longer summaries (for annotated genes) are searchable, but only short descriptions are displayed alongside features.

category = Genes

 

[RefGene:300000]

300000 보다 넓 경우에는 RefGene 의 모양을 바꾼다는 말이다. 실제로 여기서는 같이 두었다. 원래는 glyph를 generic 으로 지정하여 넓게 보는 경우에 세세한 모양을 표시하지 않도록 지정하기 위해 넣은 부분이다.

feature = processed_transcript:UCSC_1

glyph = processed_transcript stranded = 1

bgcolor = yellow

fgcolor = black

height = 8

label density = 15

link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=Nucleotide&dopt=GenBank&val=$name key = Entrez genes decorated_introns= 1 citation = <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/">RefSeq</a> mRNAs mapped to the genome assembly

category = Genes

 

[dbS]

feature = snp129:UCSC

glyph = triangle

point = 1

orient = N

height = 5

label = 1

label density = 150

bump density = 250

bgcolor = blue

fgcolor = black

font2color = gray

link = http://www.ncbi.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=$name

link_target = _blank

key = dbSNP SNPs (ver. 129)

citation = Reference SNP clusters (rs#'s) available in NCBI's <a href="http://www.ncbi.nih.gov/SNP/">dbSNP database</a>.

category = Variation

 

[gtsh]

feature = snp:HapMap_gt

glyph = allele_pie_multi

이 allele_pie_multi는 /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/Bio/Graphics/Glyph/ 에 위치

ref_allele = sub {

my $f = shift;

my $refallele = uc($f->dna);

$f->strand == -1 and $refallele =~ tr/ACTG/TGAC/;

return $refallele;

}

freq = sub { my $snp = shift;

my @pops = qw/CEU CHB JPT YRI/;

my @freqs = sort $snp->attributes('acounts');

#my $allele = $snp->attributes('Refallele');

my $allele = uc($snp->dna);

$snp->strand == -1 and $allele =~ tr/ACTG/TGAC/;

my %freqs;

foreach(@freqs){

my @items = split /:/;

if ($items[1] =~ /$allele\s([0-9.]+)/i){

$freqs{$items[0]} = $1;

}elsif($items[2] =~ /$allele\s([0-9.]+)/i){

$freqs{$items[0]} = $1;

}

}

return join ';', map { exists $freqs{$_} ? "$_:$freqs{$_}" : "$_:NO" } @pops;

}

alleles = sub {return shift->attributes('alleles')}

ref_strand = sub {shift->strand}

 

font2color = #0000FF

bgcolor = red

#stacked = 1

label density = 50

bump density = 250

key = HapMap genotyped SNPs

link = http://www.hapmap.org/cgi-perl/snp_details?name=$name&source=hapmap_B36

link_target = _blank

label = sub{ my $self = shift;

my $s = $self->strand;

my $n = $self->name;

return $n if $s == 0;

my $m = "+" if $s > 0;

$m = "-" if $s < 0;

return $n . "(" . $m . ")";

}

description = 1

height = 21

citation = SNPs in dbSNP genotyped by the <a href="http://www.hapmap.org">HapMap Project</a> (Phase 2, B36).

category = Variation

 

[KSJgt]

feature = KSJgt:KSJ

glyph = allele_tower

alleles =sub{ my $f= shift; return $f->attributes('allele');}

ref_strand = sub{shift->strand}

minor_allele = sub {

my $f = shift;

my @alleles = split /\//,$f->attributes('allele');

my ($ref_allele) = $f->attributes('ref');

return $alleles[0] eq $ref_allele ? $alleles[1] : $alleles[0];

}

maf = sub{my $f = shift;

my ($ref_cnt) = $f->attributes('sup1');

my ($oth_cnt) = $f->attributes('sup2');

if( $oth_cnt eq "" ){

$oth_cnt = $ref_cnt;

$ref_cnt = "0";

}

return 1- $ref_cnt/($ref_cnt+$oth_cnt);

}

label = 1

label density = 100

bump density = 225

fgcolor = black

bgcolor = blue

bump = 1

font2color = blue

key = KSJ genotypes

category = Variation

citation = Genotypes of KSJ.

link = http://www.koreagenome.org/pgp/?chr=$ref&f=$start&$w=120

$ref는 템플릿 이름, $start는 시작 포지션, $end는 끝 포지션

 

[KSJgt:100000]

feature = KSJgt:KSJ

glyph = triangle

point = 1

orient = N

bump density = 500

height = 5

label = 1

key = KSJ genotypes

category = Variation