[bioconductor] bioconductor 미러사이트 구축

http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/

 

1. 방화벽 오픈 - 873번

 

2. 데이터 다운로드

$> rsync -zrtlv --delete bioconductor.org::2.11 /local/bioc/packages/2.11

3. 아파치에 연결

$> ln -s /local/bioc /var/www/html/bioconductor

4. 연결 정보 변경

$bioconductor 미러서버> vi /local/bioc_2.11/biocLite.R

options("repos" = "http://XXX/cran")

options("BioC_mirror" = "http://XXX/bioconductor")

5. bioconductor 설치

$설치할 서버> R

R> source("http://XXX/bioconductor/packages/2.11/biocLite.R")

R> install.packages("DBI")

R> install.packages("RSQLite")

R> biocLite()

6. bioconductor 내 cran 사이트 설정부분 변경 및 brainarray 데이터 주소 삭제

* biocLite() 시 시간이 오래 소요되는 원인을 찾는 중 확인된 사항임

$bioconductor 미러서버> cd /local/bioc/packages/2.11/bioc/src/contrib/

$bioconductor 미러서버> cp BiocInstaller_1.8.3.tar.gz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz.ori

$bioconductor 미러서버> tar xvfz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz

$bioconductor 미러서버> vim BiocInstaller/R/biocLite.R

repos["CRAN"] <- "http://XXX/cran"   #86번째줄의 정보를 구축된 미러사이트 주소로 변경

#repos[["MBNI"]] <- mbniUrl   #89번째줄의 내용을 주석처리함 (추후 http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc 데이터 받고 나면 mbniUrl 부분을 데이터 받은 서버 주소로 변경해서 반영할 필요 있음)

$bioconductor 미러서버> tar cvfz BiocInstaller_1.8.3.tar.gz BiocInstaller

 

$설치할 서버> cd /home/bio/install/R/library/BiocInstaller

$설치할 서버> R

$R> source("http://XXX/bioconductor/packages/2.11/biocLite.R")

$R> biocLite()