자바에서 시스템 명령어나 외부 명령어를 시스템 상에서 사용해야할때
standard out 이나 standard error 가 지속적으로 발생하여
정상적인 프로세스 종료를 하지 못하고 프로세스가 좀비화 되는 경우가 있습니다.

이것은 자바가  standard out/error 를 직접 가져오게 되어서 발생되는 현상으로
일정 이상의 데이터가 쌓이게 되면 프로세스는 죽게 됩니다.

따라서 이때에는  standard out/error 을 파일로 떨구어 주어야 합니다.
시스템 상에서 실행되는 명령어에 직접  standard out/error 를 파일로 떨구는 부분을 추가해야 합니다.

예) bcftools -bcvg test.bam > standard.out 2> standard.error

 
Posted by 옥탑방람보
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